Las principales líneas de investigación del CESIMAR-CONICET son:
- Oceanografía Física
- Oceanografía Química
- Oceanografía Biológica
- Meteorología
- Gestión de Recursos Marinos
- Contaminación
- Investigación Pesquera
- Microbiología Ambiental y Bioprospección
- Ecología de Poblaciones, Comunidades y Sistemas
- Macroecología de Ambientes Marinos
- Monitoreo Ambiental
- Bienes y ServiciosTecnológicos
El CESIMAR-CONICET cuenta con los siguientes Laboratorios / Grupos / Redes:
LABORATORIO DE MAMIFEROS MARINOS
LABORATORIO DE OCEANOGRAFIA BIOLOGICA
LABORATORIO DE MICROBIOLOGIA AMBIENTAL
LABORATORIO DE OCEANOGRAFIA QUIMICA Y CONTAMINACION DE AGUAS
LABORATORIO DE OCEANOGRAFIA Y METEOROLOGIA
LABORATORIO DE AVES MARINAS
GRUPO DE ECOFISIOLOGIA APLICADA
RED DE TRABAJO EN PESQUERÍAS Y ECOSISTEMAS COSTEROS
GRUPO DE ESTUDIO DE MACROECOLOGIA MARINA
LABORATORIO DE BIOQUIMICA
LABORATORIO DE QÚIMICA AMBIENTAL Y ECOTOXICOLOGÍA
LAB. DE BIOQ. DE ALGAS Y BIOPROSPECCIÓN PARA LA SALUD HUMANA
GRUPO DE ECOLOGIA TROFICA Y ENERGETICA
LABORATORIO DE ALGAS MARINAS BENTONICAS
LABORATORIO DE ECOLOGÍA DE PECES